Heaven Burns Red speelt zich af in een nabije toekomst waarin de aarde bijna volledig is verwoest door mysterieuze buitenaardse levensvormen, de “Cancer”. Mensheid staat op het punt van uitsterven, maar een laatste sprankje hoop blijft bestaan: jonge meisjes die in staat zijn om de unieke wapens genaamd “Seraph” te hanteren. Deze meisjes worden samengebracht in militaire eenheden op een basis die tegelijkertijd als school fungeert, waar ze niet alleen vechten voor het voortbestaan van de mensheid, maar ook proberen hun gewone leven voort te zetten te midden van de dreiging.
Centraal staat Ruka Kayamori, een voormalige rockster met een zorgeloze en humoristische kijk op het leven, die nu als squadleider haar team door zware trainingen, gevechten en dagelijkse beslommeringen loodst. De sfeer wisselt tussen luchtige slice-of-life-momenten vol muziek, vriendschap en komische interacties, en intense, emotioneel geladen confrontaties met het gevaar van de Cancer en de duistere geheimen binnen de militaire organisatie. Ondanks het post-apocalyptische decor en de constante dreiging, draait het verhaal vooral om de onderlinge band, persoonlijke groei en het vinden van hoop te midden van wanhoop.
