Made in Abyss volgt Riko, een nieuwsgierig weesmeisje dat opgroeit in de stad Orth, gebouwd rondom een gigantische, mysterieuze kloof die bekendstaat als de Abyss. Deze afgrond is vol gevaarlijke wezens, waardevolle relieken en geheimen van oude beschavingen, en trekt avonturiers—Cave Raiders—van over de hele wereld aan. Riko droomt ervan om net als haar moeder, de legendarische White Whistle Lyza, de diepten van de Abyss te verkennen. Haar leven verandert wanneer ze Reg ontmoet, een mysterieuze jongen met robotachtige eigenschappen en geheugenverlies, die vermoedelijk uit de Abyss zelf komt.
Wanneer Riko een boodschap ontvangt dat haar moeder mogelijk nog leeft en op haar wacht op de bodem van de Abyss, besluit ze samen met Reg aan een gevaarlijke afdaling te beginnen. Hun reis is niet zonder risico: hoe dieper ze gaan, hoe zwaarder de fysieke en mentale tol van de “Curse of the Abyss” wordt, waardoor terugkeren bijna onmogelijk is. Onderweg ontmoeten ze bijzondere bondgenoten en worden ze geconfronteerd met de duistere kanten van de Abyss, maar ook met vriendschap, doorzettingsvermogen en opoffering. Made in Abyss is een meeslepend avontuur vol schoonheid en gevaar, waarin de grenzen van moed en menselijkheid steeds opnieuw worden getest.
