Goddess of Victory: NIKKE speelt zich af in een post-apocalyptische toekomst waar de aarde is overgenomen door mysterieuze, mechanische vijanden genaamd Raptures. De mensheid is gedwongen ondergronds te leven in een enorme schuilplaats, de Ark, nadat het oppervlak onleefbaar is geworden door deze invasie.
Om terug te vechten tegen de Raptures, ontwikkelen mensen geavanceerde androïde soldaten die bekendstaan als Nikkes. Deze Nikkes zijn speciaal ontworpen om te vechten namens de mensheid en vormen het laatste sprankje hoop op overwinning. Als speler neem je de rol aan van een commandant die een team Nikkes aanstuurt in de strijd om het oppervlak te heroveren en de mensheid te redden.
